Fue fundado bajo la denomimación inicial de Independiente San Miguel y comenzó con una camiseta azul y blanca que, posteriormente, reemplazó al azul por el verde. Su único título oficial fue la Copa de las Competencias La Prensa 1926, con el detalle de que solamente participaron representantes de la tercera categoría. El Trueno Verde, apodo que tuvo el conjunto dirigido por Rubén Glaría en la campaña brillante de 1985 (llegó a la semifinal por el Octogonal para ascender a Primera), perdió apenas uno de los ocho encuentros disputados por la Copa Argentina pero recién se estrenó en el cuadro principal durante la duodécima edición.